Zbog trusnoga tla na kojem je bila sagrađena, njezini su zidovi ubrzo počeli pucati, a cijelo zdanje tonuti, pa se odmah nakon I. Svjetskog rata počelo misliti na gradnju nove crkve, na kojoj su radovi trajali od 1934. do 19. siječnja 1969., kada je i blagoslovljena.
Crkva sv. Jakova danas je žarište i središte sakramentalnog i molitvenog života ne samo međugorskih župljana već i hodočasnika iz cijeloga svijeta.
